Nach dem Mittelalter wurden die Naturwissenschaften stark voran getrieben und damit auch viele Erkenntnisse über Pilze. Die Gelehrten versuchten nun eine systematische Ordnung der bekannten Pilze aufzubauen. Carolus Clusius (1525 - 1609) teilte die Pilze in essbare und giftige Pilze und fasste ähnlich aussehende Pilze zu Familien zusammen.
1590 wurde von
Zacharias Jansen
das Mikroskop erfunden. Dieses brachte die entscheidende Wende. Die Struktur, der Feinbau konnte analysiert werden, ein riesiger Fortschritt in der Naturwissenschaft.
Micheli (1679 - 1737) gelang als erster der Nachweis der Pilzsporen. Er bewies die Fortpflanzung der Pilze durch ihre Sporenstäube. Dieses wies er durch aussähen dieser nach. Der nächste große Sprung im Bereich der Pilzwissenschaften gelang Jakob Christian Schaeffler (1718 - 1790). Er verfasste ein Werk das fast 400 in Bayern vorkommende Arten umfasst, von denen 80 sogar benannt waren. Die Abbildungen sind noch von Hand koloriert. Wenig später wurde die Systematik und Nomenklatur der Pilze von Christian Hendrik (1755 - 1837) erschaffen.
Das bekannteste Werk „Systema Mycologicum“ beschreibt das System der Blätterpilze auf Grundlage des Sporenstaubs. Es wurde vom Botaniker Elias Fries (1794 - 1878) verfasst und hat bis heute Gültigkeit. 1980 enthält das bekannte Werk „Vademecum für Pilzfreunde“ bereits 2000 Arten. 1928 entdeckte Alexander Fleming die antibiotische Wirkung des Schimmelpizes Penicillium notatum. Das aus ihm bis heute bekannte gewonnene Antibiotikum Penicillin rettet bis heute Millionen von Menschen das Leben. Die wissenschaftliche Forschung hält bis heute an, und verspricht bereits Medikamente im Bereich Blutdruck- und Cholesterinspiegelsenkung Inhaltsstoffe zu besitzen. Aber auch im Bereich der Rohöl Qualitätssteigerung kommen Pilze zum Einsatz. So wurden Pilze entdeckt, die sich vom Rohöl ernähren. Hierdurch wird die Qualität des Öls verbessert und die Pilzzellen können abgefiltert werden und als Viehfutter verwendet werden. Heute wird vermutetet, das etwa 6000 Pilzarten alleine in Deutschland zu finden sind. Von diesen sind fast 1500 Arten im Bestand gefährdet. Es gilt doch diesen wichtigen Naturhaushalt im Gleichgewicht zu halten.
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